История суши как блюда из риса тесно связана с выращиванием этого растения в Японии. Точно неизвестно, когда рис впервые появился в Стране восходящего солнца, но его массовое выращивание зарегистрировано только со Средневековья, то есть с периода Муромати (1333-1560). До этого рис был пищей аристократии; даже воины ели его только по праздникам, а у крестьян почти не было на столах; они выращивали рис исключительно для своих хозяев. Особенно это касалось шлифованного белого риса. В результате рис смешивали с другим зерном (например, пшеном) или готовили в виде кашицы в большом количестве воды. Только с середины четырнадцатого века он стал пищей людей. Рис стали чаще готовить на пару (то есть как сегодня) и составлять с различными добавками, например, с рыбой и морепродуктами. Сейчас в наше время купить вкусные санди суши можно через интернет .

Рис использовался, в частности, для консервирования рыбы: свежую рыбу хранили в бочках с вареным рисом, где она особым образом ферментировалась, но не портилась и не производила отравляющих токсинов. Этот метод был заимствован в 7 веке у китайцев, но особенно популярен он был во времена клановых войн, облегчая снабжение армии. По сей день в Японии есть фабрики, которые используют этот метод, называемый наредзуси. Приготовленная таким образом рыба имеет резкий запах, напоминающий сыр с плесенью, и постоянно находит энтузиастов среди гурманов. После трех или четырех месяцев такой ферментации рис больше нельзя есть, но в средние века, когда он был нужен, рыбу вынимали до того, как она «созрела», а затем ее ели с рисом, используемым для консервирования, который все еще сохранял свою питательную ценность.

Из этой формы появились «быстрые суши» или хаядзуси, в которых свежий рис нужно было заправлять уксусом. Отсюда и название блюда, составленное из слов су — уксус и менши — вареный рис.
Особой популярностью суши стали в период Эдо (1603-1868) в связи с развитием буржуазной культуры. В этот период сформировалась известная нам сегодня форма японской кухни с ее наиболее характерными блюдами. Крупные торговые и ремесленные центры, такие как Киото, Эдо (сегодня Токио) и Осака, росли и привлекали большое количество людей, в основном мужчин, ищущих работу и развлечения. Готовая, профессионально приготовленная еда была очень популярна в месте, где процветал бизнес и жил в соответствии с философией укиё — наслаждением повседневными удовольствиями. В Эдо — тогдашней резиденции сёгунов Токугава, от которой исторический период получил свое название, почти половина мужчин были самураями. Остальные были в основном купцами или ремесленниками, и женщин было гораздо меньше, чем мужчин.

Так что спрос на услуги общественного питания был огромным. Как и в других крупных городах, в Эдо возникли и расширились развлекательные районы, где появились первые рестораны и предприятия по продаже еды на вынос. Именно в этот период суши приобрели свой нынешний вид. Вероятно, в Осаке изобрели основные виды, известные сегодня, такие как нигири или макидзуси (затем завернутые в водоросли комбу или жареную кожу рыбы фугу), но изначально суши-рыбу мариновали в соевом соусе и саке, солили или варили. Свежая рыба была не всегда и не везде в те времена, когда холодильники еще не были известны. С другой стороны, суши Эдо, также известные как эдомаэ-дзуси, или суши из залива Эдо (ныне Токийский залив), стали известны тем, что в этом месте содержали только что пойманную рыбу и водоросли. В настоящее время название означает суши с сырой рыбой и другими сырыми ингредиентами. По сей день самое известное место, где можно поесть «действительно свежие суши», — это бары возле Цукидзи, крупнейшего в мире рыбного рынка в гавани Токио.